生物系研究者のpythonとか画像解析とか論文とか

主に生物系研究で使えるpythonとか画像解析とか論文の話とかをザックリ書きます

スポンサードリンク

2020-04-01から1ヶ月間の記事一覧

pythonで MIP (Maximum Intensity Projection) 画像を作る

pythonでstack画像からMIP画像を作った時のメモ 前提 ディレクトリ (data_dir) 内に次のような画像ファイルがある xxx_z000.tif xxx_z001.tif xxx_z002.tif ..... また画像は全てgray scaleである コード import cv2 import numpy as np from pathlib import…

macでpythonのバージョンを切り替えて使う (pyenv + venv)

macでpythonのバージョンを切り替えて使いたい + プロジェクトごとに環境を管理したい pyenv ・pythonのバージョンを管理できる ・プロジェクトごとにpythonのバージョンを切り替えることができる ・同一バージョンのpythonでプロジェクトごとに環境を切り替…

コロナウイルスはエイズウイルスとの関連?

"新型コロナは「第2のエイズウイルス」なのか…衝撃の論文の内容は" という記事がYahooニュース (日刊ゲンダイ) に載っていた。headlines.yahoo.co.jp これはちょっと酷い。 記事内で "エイズと同じように免疫不全症候群を発症させる可能性があるという話は決…

add-apt-repository がなかった

add-apt-repository を使おうとしたらなかった sudo apt-get install software-properties-common これで良い

ffmpegをubuntu 16.04にインストールする

ffmpegをubuntu 16.04にインストールした時のメモ まずffmpegのPPAを登録 sudo add-apt-repository ppa:jonathonf/ffmpeg-4 apt-get updateしてからinstall apt-get update sudo apt-get install ffmpeg バージョン確認 ffmpeg -version ffmpeg version 4.2.…

MTSファイルを結合してmp4にする

動画の解析をpythonで行う前にはファイル形式を適切に処理する必要があったので、メモ 環境 ・ubuntu 16.04 まずMTSを結合する cat xxx.MTS yyy.MTS zzz.MTS > xyz.MTS 次にffmpegを使ってmp4を変換する ffmpeg -i xyz.MTS -vcodec copy -acodec copy xyz.mp…

venvで環境構築をする

最近までAnacondaで環境構築を行なっていたが、いくつか不便なことがあった。 例えば、 ・pipとの競合 ・プロジェクトごとに管理しにくい ・pyinstallerでexe化した時に肥大化する ・たまに壊れる などなど 特にpipとの競合は気を使うし 壊れた時は復旧が大…

pythonでexeを作る

pythonではいくつかのexe化ライブラリがあり、簡単にexeを作れるが毎回作り方を調べるのが面倒なので以下メモ。 環境は ・windows10 ・Anaconda 簡単な手順 1. コードを動かすための必要最小限のライブラリだけがインストールされた環境を構築する 2. pyinst…

git clone から push まで

いつもgit cloneからpushするまでの手順がうろ覚えで不安になるのでメモ まずclone git clone {URL} branchの一覧 git branch -a 更新したいbranchが既にある場合は git checkout {branch} ない場合は git branch -b {branch} リモートブランチに登録 git pu…

スポンサードリンク