生物系研究者のpythonとか画像解析とか論文とか

主に生物系研究で使えるpythonとか画像解析とか論文の話とかをザックリ書きます

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2020-06-01から1ヶ月間の記事一覧

python の multiprocessing.Process が jupyter notebook で動かなかった

ちなみに別環境では動いていたのだが、以下の環境では動かなった Windows10 python3.6.7 エラー内容 def worker(x): for i in range(x): i = i + 1 from multiprocessing import Process p1 = Process(target=worker, args=(10000000,)) p2 = Process(target…

ImageJでLSMファイルを開く

ImageJで顕微鏡ファイルを開く方法を紹介した。 mlwbio.hatenablog.com LSMファイルについては別の専用プラグインがあるのでそちらの紹介 LSMToolbox 基本的にこちらを見ればわかる imagejdocu.tudor.lu install これをダウンロードして https://imagejdocu.…

ImageJで顕微鏡画像 (ライカ、ZEISS等) の画像を読み込む

オリンパス顕微鏡 (.orf) を読み込む方法を紹介した mlwbio.hatenablog.com ZEISSはこちらの方法も mlwbio.hatenablog.com ImageJにはその他多くの顕微鏡のフォーマットを開く方法が用意されている。 Bio-Formats Bio-Formatsという顕微鏡画像等を扱うための…

python + selenium でgoogle検索上位10件のURLを取得する

python + selenium で google検索を行なったり検索結果の画像や文言を取得する方法は見つかったが URLを取得する方法はすぐに見つからず自作した seleniumの導入 こちらを参照 mlwbio.hatenablog.com 実際のコード options = Options() options.add_argument…

断食は肺がん治療に効果があるか

肺がんの化学療法 今回対象としているのは術前補助化学療法で、アジュバント化学療法(Adjuvant Chemotherapy) と言う。 手術の前に抗がん剤を投与し、がんの切除をしやすくするためや、臓器の機能を温存のためにがんを小さくすること目的とする。 これまで…

ImageJでオリンパス顕微鏡のファイルを読み込む

オリンパスの顕微鏡ファイル (.orf) は普通にはImageJで読み込めない 顕微鏡画像を取得したあとは、適切な画像ファイルにして整理、保管、データ化しなければなりません。 しかし、面倒なのは、顕微鏡会社ごとに顕微鏡画像のファイル形式が異なっていること…

python+seleniumでスクレイピングをする (pubmedの検索結果を収集する)

やりたいこと web上のページから情報を自動で回収したい (普通のスクレイピング) pubmedの検索結果を自動でまとめたい 方法 seleniumのインストール pip install selenium さらにブラウザに合うドライバをインストールする必要がある www.selenium.dev 例え…

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