最近流行っているDeepLabCutを用いた動物のトラッキングを行うための手順の備忘録です。 環境 ・MacBook Pro ・pyenv + venv ・学習はGoogle Colabで行う ・2020年12月3日時点 環境構築 まず環境を作ります 既にpyenvをinstall済みのところから始めます mlwb…

エクセルファイルからコピペでpandasに読み込みたい時があるのでメモ エクセルで範囲をコピーしたのちに pd.read_clipboard() でよい

PA-API v5でエラーが出る amazonの PA-API v5 を使おうと思ってpythonからSDKを使って叩いていたが "TooManyRequests","Message":"The request was denied due to request throttling. Please verify the number of requests made per second to the Amazon …

やりたいこと slackのメッセージをまとめて削除したいが、slack自体にはその機能がないためpythonを用いて達成したい 基本的には以下のサイトを参考にさせて頂いたが、変更点があることと、slack apiの設定で手間取ったのでメモ https://w1579143007-cwv3918…

ImageJ ではスケールバーを画像に埋め込むことができます。 そのためにはまず、スケールの数値をImageJに教える必要があります。 スケール数値の入力 Analyze > Set Scale Distance in pixels : 画像のpixelサイズ、または任意のピクセル数を入れます。 Know…

ちなみに別環境では動いていたのだが、以下の環境では動かなった Windows10 python3.6.7 エラー内容 def worker(x): for i in range(x): i = i + 1 from multiprocessing import Process p1 = Process(target=worker, args=(10000000,)) p2 = Process(target…

ImageJで顕微鏡ファイルを開く方法を紹介した。 mlwbio.hatenablog.com LSMファイルについては別の専用プラグインがあるのでそちらの紹介 LSMToolbox 基本的にこちらを見ればわかる imagejdocu.tudor.lu install これをダウンロードして https://imagejdocu.…

オリンパス顕微鏡 (.orf) を読み込む方法を紹介した mlwbio.hatenablog.com ZEISSはこちらの方法も mlwbio.hatenablog.com ImageJにはその他多くの顕微鏡のフォーマットを開く方法が用意されている。 Bio-Formats Bio-Formatsという顕微鏡画像等を扱うための…

python + selenium で google検索を行なったり検索結果の画像や文言を取得する方法は見つかったが URLを取得する方法はすぐに見つからず自作した seleniumの導入 こちらを参照 mlwbio.hatenablog.com 実際のコード options = Options() options.add_argument…

肺がんの化学療法 今回対象としているのは術前補助化学療法で、アジュバント化学療法（Adjuvant Chemotherapy) と言う。 手術の前に抗がん剤を投与し、がんの切除をしやすくするためや、臓器の機能を温存のためにがんを小さくすること目的とする。 これまで…

オリンパスの顕微鏡ファイル (.orf) は普通にはImageJで読み込めない 顕微鏡画像を取得したあとは、適切な画像ファイルにして整理、保管、データ化しなければなりません。 しかし、面倒なのは、顕微鏡会社ごとに顕微鏡画像のファイル形式が異なっていること…

やりたいこと web上のページから情報を自動で回収したい (普通のスクレイピング) pubmedの検索結果を自動でまとめたい 方法 seleniumのインストール pip install selenium さらにブラウザに合うドライバをインストールする必要がある www.selenium.dev 例え…

画像上で直線上の輝度を定量したいことがあります 例えば細胞膜上にタンパク質が局在していることを示したい時とかですね まず直線を書くツールを選択して定量したい位置に直線を引きます 次に Analyze>Plot Profileを選択します。 プロットを選んだ状態で F…

生物画像解析においてもっとも有名で有用なフリーソフトであるImageJとFijiですが、たまにダウンロード&インストールの方法を尋ねられるのでまとめておきます。 まずImageJ ここからダウンロードできます。 imagej.nih.gov 合うOSのものをダンロードして解凍…

pythonでstack画像からMIP画像を作った時のメモ 前提 ディレクトリ (data_dir) 内に次のような画像ファイルがある xxx_z000.tif xxx_z001.tif xxx_z002.tif ..... また画像は全てgray scaleである コード import cv2 import numpy as np from pathlib import…

macでpythonのバージョンを切り替えて使いたい + プロジェクトごとに環境を管理したい pyenv ・pythonのバージョンを管理できる ・プロジェクトごとにpythonのバージョンを切り替えることができる ・同一バージョンのpythonでプロジェクトごとに環境を切り替…

"新型コロナは「第2のエイズウイルス」なのか…衝撃の論文の内容は" という記事がYahooニュース (日刊ゲンダイ) に載っていた。headlines.yahoo.co.jp これはちょっと酷い。 記事内で "エイズと同じように免疫不全症候群を発症させる可能性があるという話は決…

add-apt-repository を使おうとしたらなかった sudo apt-get install software-properties-common これで良い

ffmpegをubuntu 16.04にインストールした時のメモ まずffmpegのPPAを登録 sudo add-apt-repository ppa:jonathonf/ffmpeg-4 apt-get updateしてからinstall apt-get update sudo apt-get install ffmpeg バージョン確認 ffmpeg -version ffmpeg version 4.2.…

動画の解析をpythonで行う前にはファイル形式を適切に処理する必要があったので、メモ 環境 ・ubuntu 16.04 まずMTSを結合する cat xxx.MTS yyy.MTS zzz.MTS > xyz.MTS 次にffmpegを使ってmp4を変換する ffmpeg -i xyz.MTS -vcodec copy -acodec copy xyz.mp…

最近までAnacondaで環境構築を行なっていたが、いくつか不便なことがあった。 例えば、 ・pipとの競合 ・プロジェクトごとに管理しにくい ・pyinstallerでexe化した時に肥大化する ・たまに壊れる などなど 特にpipとの競合は気を使うし 壊れた時は復旧が大…

pythonではいくつかのexe化ライブラリがあり、簡単にexeを作れるが毎回作り方を調べるのが面倒なので以下メモ。 環境は ・windows10 ・Anaconda 簡単な手順 1. コードを動かすための必要最小限のライブラリだけがインストールされた環境を構築する 2. pyinst…

いつもgit cloneからpushするまでの手順がうろ覚えで不安になるのでメモ まずclone git clone {URL} branchの一覧 git branch -a 更新したいbranchが既にある場合は git checkout {branch} ない場合は git branch -b {branch} リモートブランチに登録 git pu…