ImageJ ではスケールバーを画像に埋め込むことができます。 そのためにはまず、スケールの数値をImageJに教える必要があります。 スケール数値の入力 Analyze > Set Scale Distance in pixels : 画像のpixelサイズ、または任意のピクセル数を入れます。 Know…

ImageJで顕微鏡ファイルを開く方法を紹介した。 mlwbio.hatenablog.com LSMファイルについては別の専用プラグインがあるのでそちらの紹介 LSMToolbox 基本的にこちらを見ればわかる imagejdocu.tudor.lu install これをダウンロードして https://imagejdocu.…

オリンパス顕微鏡 (.orf) を読み込む方法を紹介した mlwbio.hatenablog.com ZEISSはこちらの方法も mlwbio.hatenablog.com ImageJにはその他多くの顕微鏡のフォーマットを開く方法が用意されている。 Bio-Formats Bio-Formatsという顕微鏡画像等を扱うための…

オリンパスの顕微鏡ファイル (.orf) は普通にはImageJで読み込めない 顕微鏡画像を取得したあとは、適切な画像ファイルにして整理、保管、データ化しなければなりません。 しかし、面倒なのは、顕微鏡会社ごとに顕微鏡画像のファイル形式が異なっていること…

画像上で直線上の輝度を定量したいことがあります 例えば細胞膜上にタンパク質が局在していることを示したい時とかですね まず直線を書くツールを選択して定量したい位置に直線を引きます 次に Analyze>Plot Profileを選択します。 プロットを選んだ状態で F…

生物画像解析においてもっとも有名で有用なフリーソフトであるImageJとFijiですが、たまにダウンロード&インストールの方法を尋ねられるのでまとめておきます。 まずImageJ ここからダウンロードできます。 imagej.nih.gov 合うOSのものをダンロードして解凍…