生物系研究者のpythonとか画像解析とか論文とか

主に生物系研究で使えるpythonとか画像解析とか論文の話とかをザックリ書きます

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ImageJで顕微鏡画像 (ライカ、ZEISS等) の画像を読み込む

オリンパス顕微鏡 (.orf) を読み込む方法を紹介した

mlwbio.hatenablog.com

ZEISSはこちらの方法も

mlwbio.hatenablog.com

ImageJにはその他多くの顕微鏡のフォーマットを開く方法が用意されている。

Bio-Formats

Bio-Formatsという顕微鏡画像等を扱うための機能を提供しているプロジェクトがあり、そのプラグインをImageJに入れることで達成できる。 ちなみにFijiであればデフォルトで使える

mlwbio.hatenablog.com

Install

www.openmicroscopy.org

こちらのBio-Formats Packageをダウンロードする ImageJフォルダの中のPluginフォルダ内に.jarファイルを配置する そしてImageJを再起動して Plugins>Bio-Formats から使える

使い方

基本的にドラッグ&ドロップで開けるようになっている もしくはBio-Formats Importerを選択しても良い

色々出てくるがデフォルトで問題ないことが多い。 変更するとすればstackに関する部分。

amzn.to

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